เครื่องหมายของเทศบาลเมืองนราธิวาส มีรูปเป็นพญานาคพันภูเขา ความหมายของตรานี้ คือ เทศบาลเมืองนราธิวาสนั้นเดิมชื่อตำบลบางนาค ต่อมาราว พ.ศ. ๒๔๕๕ ตำบลนี้เปลี่ยนเป็นชื่อตำบลบางนรา ตามชื่อของจังหวัด แต่ประชาชนพื้นเมืองยังเรียกว่าตำบลบางนาค พลเมืองที่นับถือศาสนาอิสลามเรียกว่าตำบลบือนาฆอ หรือ บางนาคนั่นเอง ต่อมาเมื่อ พ.ศ. ๒๔๙๒ กองการเทศบาลได้มีหนังสือตรง ต่อผู้ตรวจการเทศบาล ให้แจ้งเทศบาล จัดทำตราเครื่องหมายของแต่ละเทศบาลให้มีความหมาย ตามประวัติศาสตร์ของท้องที่เทศบาลเมืองนราธิวาสจึงมีความเห็นว่า ควรมีรูปพญานาคซึ่งมาจากคำว่าบางนาคอยู่ด้วย นอกจากนั้นยังพิจารณากันต่อไปว่าภูมิประเทศอันเด่นชัด อันเป็นที่รู้จักกันทั่วไป ในเขตจังหวัดนราธิวาส และอยู่ใกล้ชิดกับเขตเทศบาล คือ ภูเขาตันหยง ซึ่งตั้งอยู่บริเวณชายหาด ริมทะเลทางทิศตะวันออก ของเขตเทศบาล ห่างจากเทศบาลวัดเส้นตรงราว ๓ กิโลเมตร จึงควรรวมภูเขาตันหยง ไว้เป็นเครื่องหมายเทศบาลด้วย ตัวพญานาค คือ ตำบลบางนาค พันภูเขามีความหมายตรงว่า "เทศบาลเมืองนราธิวาส"